西元1859年11月，達爾文（Darwin）在整個西方文明，掀起了一場英雄式的革命風暴。他的著作「物種原始論」甫一出版，就引起極大爭議，在各個文化層面產生巨大的影響，至今仍餘波盪漾。自從那個決定性的時刻開始，你就只有兩種選擇：相信演化論，或者選擇相信那個已經站不住腳的上帝創世論－上帝在西元前4004年10月23日創造世界。明顯地，這個為人所熟知的歷史建構，根本沒有給我們任何選擇的餘地。它不僅過度簡化了問題，而且，當然不是實情。
科學與宗教的衝突－如果有衝突存在的話，一直都是充滿爭議的議題。對於人類起源看法的歧異，只是其中的部分內容。常常可以見到的一種通俗化的論點，是這樣認為的：科學身負光輝的形象，代表了啟蒙時代以來的重要價值：理性。而科學的永世敵人：宗教。則繼承了中世紀的無知反智，代表了愚昧的硬性道德論述。像是這樣充滿誤導性的論點，當然，也不是實情。
在西方文明中，科學、自然哲學、政治以及社會思想，往往都是互相牽連，互相發明的。事實上，並不存在外在於社會脈絡的的知識信念。科學家需要觀念，來為自己的知識體系作為辯護、澄清以及理性論證的材料，而這樣的材料卻始終跟宗教難脫關係。牛頓（Newton,Sir Isaac）以自然神學作為他的科學知識的形上預設。大略而言，自然神學的目的是在了解上帝的另一部偉大作品－自然世界，而不援引奇蹟或上帝干預。笛卡爾（Descartes）的心物二元論，則是為了在機械性的自然存有中，替神聖╱靈魂等概念安插一個合適位置。很容易看出，他們都是在某種基督教正當性的典範（Paradigm）下工作。牛頓以及笛卡爾的知識體系都巧妙地揉合了宗教信念以及科學，所以能夠超群絕倫，說服普羅大眾，成為智識上的主流。然而，當代的科學亦是承繼他們的機械世界觀而來，彼此之間有著密不可分的關係*。
所以，科學以及宗教不僅不是敵人，還是思想史上關係親密的血親。畢竟它們有著承先啟後的關連，而且科學也不算是宗教論述，在智識上，並不處於基督教的對手關係。那麼，所謂的衝突到底從何而來？
要看衝突何在，瞧瞧公共論壇即可知曉。在這個議題上，發言最力的是科學╱達爾文基本教義派以及基督教原教旨主義者。這兩者都可歸類為基本教義派（Fundamentalism）。所謂的基本教義派，就是其信徒信服某種基要教義的論述形式，而且把這套教義以及形式，視為權威以及正典的唯一源頭，然後賦予這些價值神聖性，也就是讓這些論述，在面對它們的敵手時，擁有絕對更高的地位。
科學基本教義派認為：科學是絕對真理，且是詮釋這個世界唯一正當的認知方式。達爾文基本教義派是某種極端化約論（Greed Reductionism），大概的成員是：社會生物學家（Sociobiology’s）以及演化心理學家（Evolutionary Psychologist）。基督教原教旨主義則認為聖經－西元1611年出版的詹姆士欽定本英譯本－是認知世界的唯一正當方式，而且聖經不容詮釋，只能由字面上理解。
我們不敢保證科學以及宗教之間真的相安無事；但是，大致而言，此二知識領域都淵遠流長，論述架構大多兼容並蓄，能夠彼此包容，所以，它容許相同成員在這兩個不同的知識領域下工作。然而，上述基本教義派的兩個不同形式之間，確實存在著不能調和的衝突。它們的相同之處在於：態度相當獨斷，皆認為自己的論述才是唯一真理。
*這裡的宗教，指涉一般廣義定義的基督教。
*在這裡，可能會有人指出驗證邏輯（content of justification）以及發現情境（content of discovery）的古典科哲區分，來反駁我的論證。事實上，這樣的區分已經過時了。哲學家指出：如此的區分在實務上有困難，我們所使用的語言系統無法對此區分作出有效明白的保證。而且，就算驗證邏輯以及發現情境的區分成立，仍然無損於我的論證。畢竟，驗證邏輯以及發現情境是不能互斥的。換句話說，只要科學以及宗教的知識架構是可以部分契合的，我的論證就不能算是無效的。
文章定位：
